Metronidazole có tác dụng ức chế alcol dehydrogenase và các enzym oxy hóa alcol khác. Thuốc có phản ứng nhẹ kiểu disulfiram như nóng bừng mặt, nhức đầu, buồn nôn, nôn, co cứng bụng và đổ mồ hôi. Nên theo dõi về lâm sàng và thực nghiệm khi điều trị quá 10 ngày. Dùng thận trọng và giảm liều trên bệnh nhân suy gan nặng. Nên theo dõi nồng độ metronidazole trong huyết tương trên những bệnh nhân này.Novofungin có chứa tinh bôt mì. Bệnh nhân dị ứng với lúa mì (khác với bệnh Coeliac) không nên dùng thuốc này.
Uống cùng lúc hoặc sau bữa ăn. Nhiễm Trichomonas Liều duy nhất 2g hoặc, Một đợt điều trị 7 ngày gồm 250 mg x 3 lần/ngày. Nài ra nên điều trị cho cả bạn tình. Bệnh do amíp: Lỵ amip cấp ở ruột do E. histolytica: Người lớn: 750 mg x 3 lần/ngày trong 5 -10 ngày. Trẻ em: 35 - 50 mg/kg/ngày, chia làm 3 lần, trong 5 -10 ngày. Áp xe gan do amíp: Người lớn: 500 - 750 mg x 3 lần/ngày trong 5 -10 ngày hoặc 1,5 - 2,5 g x 1 lần/ngày trong 2 hoặc 3 ngày. Trẻ em: 35 - 50 mg/kg/ngày, chia làm 3 lần, trong 5 -10 ngày. Bệnh Balantidium và nhiễm Blastocystis hominis: 750 mg, 3 lần/ngày, lần lượt trong 5 và 10 ngày. Bệnh do Giardia: Người lớn: 2 g x 1 lần/ngày, trong 3 ngày liên tiếp hoặc 250 mg x 3 lần/ngày, trong 5 - 7 ngày. Trẻ em: 15 mg/kg/ngày chia làm 3 lần trong 5-7 ngày. Bệnh do giun rồng Dracunculus: Người lớn: 250 mg x 3 lần/ngày hoặc 25mg/kg/ngày trong 10 ngày. Trẻ em: 25 mg/kg/ngày trong 10 ngày. Không quá 750 mg/ngày (dù trẻ trên 30kg). Nhiễm khuẩn kỵ khí: 7.5 mg/kg, cho tới tối đa 1 g, cách 6 giờ 1 lần trong khoảng 7 ngày hoặc lâu hơn. Nhiễm khuẩn phụ khoa: Liều duy nhất 2 g hoặc một đợt điều trị 5-7 ngày với 500 mg x 2 lần/ngày. Viêm loét nướu hoại tử cấp: 250 mg x 3 lần/ngày trong 3 ngày; liều tương tự được dùng trong nhiễm khuẩn miệng cấp. Viêm đại tràng do kháng sinh: 500 mg x 3 - 4 lần mỗi ngày. Viêm vùng chậu: 500 mg x 2 lần/ngày được phối hợp với ofloxacin 400 mg x 2 lần/ngày; điều trị liên tục trong 14 ngày. Phòng ngừa nhiễm khuẩn kỵ khí sau phẫu thuật: 20 - 30 mg/kg/ngày chia làm 3 lần. Loét tiêu hóa do H. pylori: 500 mg x 3 lần/ngày phối hợp với ít nhất một thuốc khác có hoạt tính diệt H. pylori (như bismuth subsalicylat, amoxicillin...) trong 1 - 2 tuần.